フィリピンにいるフィリピン人と結婚をする場合、どちらかがお互いの国に行かないと結婚の手続きを進めることができません。
通常のフィリピン人との国際結婚手続きはこちらをご覧ください。
フィリピン人との国際結婚手続き

新型コロナウイルスの影響でフィリピンの方が短期滞在で日本に来れなくなったり、日本人がフィリピンに行けない状況では、結婚の手続きを進めることができないと思われるかもしれませんが、そんなことはありません。

お相手の方がフィリピンにいるままでも結婚の手続きを進めることは可能です。
お互いの国に行けない状況で結婚の手続きを完了させるためには日本で先に結婚の手続きを行います。

日本での結婚手続きの方法

婚姻届を提出する予定の市町村役場にフィリピン人との結婚手続きに必要な書類を聞きます。
そうすると、フィリピン人の婚姻要件具備証明書の提出を求められるはずです。
婚姻要件具備証明書とは

しかし、フィリピンにいるフィリピン人が婚姻要件具備証明書を取得するには、日本に短期滞在で来日をして、結婚をする日本人と一緒に駐日フィリピン大使館に行かなくてはいけません。
コロナ禍ではフィリピン人が短期滞在で来日することはできないので、婚姻要件具備証明書に代わる書類で受理してもらえないかを聞いてください。
対応は各市町村役場によって様々ですが、最近は市町村役場の方も婚姻要件具備証明書を提出することができないことを理解してきているので、婚姻要件具備証明書に代わる書類を案内してくれるはずです。
婚姻要件具備証明書に代わる書類は以下の書類です。（各市町村役場によって提出する書類は異なりますので必ず市町村役場にお問い合わせください。）

案内された婚姻要件具備証明書に代わる書類と婚姻届を提出すれば、日本での結婚手続きは完了します。
（２週間ほどでフィリピン人の情報が戸籍謄本に反映します。）

先に日本で結婚手続きをした場合、通常だと駐日フィリピン大使館にふたり揃って結婚の報告手続きをしてフィリピン側の結婚証明書をもらいにいきます。
しかし、コロナ禍ではフィリピン人が日本に来ることができないので一緒に駐日フィリピン大使館へ行ってフィリピン側への報告手続きをすることができません。
ですので、一旦、日本のみの結婚手続きだけ完了させて、配偶者ビザ申請という流れになります。

配偶者ビザ申請について

配偶者ビザ申請をする際に、書面でなぜフィリピン側に結婚の報告ができないのかを詳しく説明するようにしてください。
そして、配偶者ビザが許可されてフィリピンからお相手の方が日本に来れたら必ずふたり揃って駐日フィリピン大使館に行って結婚の報告手続きを完了させます。ということも書面で説明してください。

以上の説明をすることで入管は新型コロナウイルスの影響を踏まえて審査をしてくれます。
㊟説明をしたからと言って必ず許可になるとはかぎりません。交際経緯や結婚生活の継続安定性が審査されます。

無事に配偶者ビザが許可されてフィリピンからお相手の方が日本に来たら保留していたフィリピンへの結婚の報告手続きをしてください。
結婚の報告をしたときの結婚証明書は次回、配偶者ビザを更新するときに提出するようにしましょう。