経営管理ビザの更新での審査で一番重要視されているのは会社の決算状況です。
事業の安定性や継続性を決算書で判断するからです。
ですので、赤字決算ではなく、若干でも黒字決算のほうがスムーズに更新されるといえます。
しかし、単に赤字決算だからといって更新ができないということではありません。
会社設立した初年度はビジネスモデルにもよりますが1期目は赤字になることも多いものです。
出入国在留管理局は1期目の決算については売上規模、経費、負債等の状況から総合的に判断します。
2期目以降も単に赤字であることだけで更新が不許可になることはありませんが、1期目よりは審査は厳しめに働くことが多いです。

また、役員報酬についても低く設定していると更新できない可能性があるのでご注意ください。
経営管理ビザの役員報酬額について